Enarque, Jean-Charles Fischer est nommé, à 46 ans, au poste de secrétaire général de l’Ecole polytechnique.

Il succède à Isabelle Antoine, qui devient chargée de mission auprès du DRH au ministère de l’Ecologie, du Développement durable et de l’Energie. Jean-Charles Fischer dirigera plusieurs des fonctions support de l’établissement tels que les systèmes d’information.

Il est le fondateur du Centre ministériel de gestion de Brest, sous la directive du secrétaire général pour l’administration du ministère de la Défense.